Sistem Penjaminan Mutu menuntut kinerja institusi dilaksanakan secara efektif dan efisien mengikuti pola PPEPP (Perencanaan, Pelaksanaan, Evaluasi, Pengendalian, dan Peningkatan). Dibutuhkan kinerja yang komprehensif untuk dapat mewujudkan target-target yang sudah tertuliskan dalam Indikator Kinerja Utama maupun Tambahan yang sudah tertuang dalam Renstra dan Renop tiap tahunnya.
Struktur organisasi yang ada pada perguruan tinggi khususnya di tingkat fakultas seyogyanya mumpuni untuk melaksanakan semua kinerja yang ada di renstra maupun renop, sehingga akreditasi atau penilaian mutu baik internal maupun ekternal sudah menjadi hal yang wajar dan rutin, karena sistem sudah berjalan dan tidak membutuhkan persiapan khusus yang insidental, karena semua berjalan sesuai tupoksinya.
Dalam implementasinya, perbaikan dan pengembangan secara bertahap tentu sudah dilakukan di lingkungan baik pada level universitas, fakultas maupun prodi. Hanya saja masih perlu pemetaan kinerja dari seluruh SDM di struktur organisasi yang disertai tupoksi yang detail berdasar renstra dan renop. Ada indikasi bahwa cenderung tupoksi hanya berjalan secara formatif, dan belum sinambung dengan indikator kinerja yang tertuang dalam renstra/renop fakultas maupun prodi. Tidak mustahil pula, kinerja dapat dinilai melalui sistem informasi kinerja SDM, sehingga dapat dimonitor dan evaluasi secara langsung.
Tujuan manajemen kinerja adalah untuk menciptakan lingkungan di mana orang dapat melakukan pekerjaan dengan kualitas terbaik secara efektif dan efisien. Pada dasarnya manajemen kinerja dapat berhasil jika seluruh elemen organisasi menjalankan perannya dengan penuh dedikasi.